La CPC utilise un système de solvant biphasique. Une des phases est choisie comme stationnaire et est maintenue dans les cellules du rotor par un champ de force centrifuge. La phase mobile est pompée à travers la phase stationnaire. Lors de l’injection d’un échantillon brut, les différents solutés traversent le rotor à une vitesse différente en fonction de leurs coefficients de partage.